Cuando el pequeño Iradier era un párvulo de cuatro años de edad perdió a su madre, Amalia Balbina Bulfi, debido a una pulmonía. Al poco también vio partir a su progenitor, Pedro Valentín Iradier, que, incapaz de criar a sus hijos, marchó a Burgos, donde se estableció pocos meses después del deceso de su esposa, sin que se sepa si continuó con su oficio de sastre u ocupado en algún otro negocio. Falleció poco después. Así que Manuel Iradier tuvo una infancia marcada por la orfandad, que ayudó a convertirlo en un niño solitario y soñador. Tras la desaparición de sus progenitores, Iradier y sus hermanos pasaron a habitar en la calle Postas, en el piso más alto de una casa que pertenecía a sus acaudalados tios paternos, Eusebio Iradier Arce y Vicenta Medrano. Se trataba de una pareja estricta y de arraigadas creencias religiosas que se empeñó desde un principio en que su sobrino menor, el pequeño Manuel, se convirtiera en sacerdote, y a este empeño orientaron sus esfuerzos. Casi desde un primer momento, al parecer, sus tíos enviaron a Iradier al Cantábrico -a Mundaka-, donde se educó bajo los auspicios de un cura severo cuya labor era orientar al niño hacia la carrera eclesiástica. No escaseaban los castigos físicos y la mano dura. Si embargo, el clérigo y los tutores erraron en sus predicciones. Sólo consiguieron que, deseoso de una libertad que no conoció en sus primeros años, Iradier dirigiera sus ensoñaciones y anhelos al horizonte del mar, estimulado sin duda por las leyendas de los marineros y pescadores entre los que jugó y creció. Para desesperación de sus parientes, la voluntad de Iradier era más férrea cada día. Regresó a Vitoria y no cejó hasta que le permitieron matricularse en el Instituto de Segunda Enseñanza en septiembre de 1865; tenía once años y su imaginación y capacidad para tomar decisiones excedían ampliamente las del resto de infante de su edad.
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